Die Zeit seiner Präsidentschaft war von der Suche nach einer neuen nationalen Identität, von Korruption und von den durch das Ende der Sowjetunion bedingten Konflikten wie zum Beispiel dem Ersten Tschetschenienkrieg geprägt. In der Verfassungskrise 1993 löste er ohne Rechtsgrundlage das Parlament (Kongress der Volksdeputierten) auf, das sich seinen radikalen Wirtschaftsreformen widersetzt hatte. Daraufhin enthob das Parlament Jelzin des Amtes und ernannte den bisherigen Vizepräsidenten Ruzkoi zum neuen Präsidenten. Jelzin setzte sich jedoch gewaltsam, d.h. unter Einsatz des Militärs zum Beschuss des Weißen Hauses (dem Parlamentsgebäude Russlands), gegen die dort verbliebenen etwa 100 Deputierten um Ruzkoi und Parlamentspräsident Chasbulatow durch. Jelzin gilt in Russland als eine der zentralen Figuren der Coupon-Privatisierung der neunziger Jahre, welche nach breiter Meinung in extrem korrupter und unprofessioneller Weise durchgeführt wurde. Sie trug wesentlich zum Entstehen der postsowjetischen Oligarchie bei. Russland geriet in seiner Regierungszeit in eine tiefe Wirtschaftskrise – das Bruttonationaleinkommen Russlands halbierte sich unter seiner Amtszeit. Ungeachtet der innenpolitischen Probleme nahm Boris Jelzin als erster russischer Präsident am G-7-Gipfeltreffen der westlichen Industrienationen in Neapel am 8. Juli 1994 teil. Bei Umfragen wenige Monate vor den Russischen Präsidentschaftswahlen 1996 gaben lediglich 4 Prozent der Befragten an, für Jelzin stimmen zu wollen, die Wiederwahl Jelzins schien aussichtslos. Massive Wahlkampfhilfe von Wirtschaftsoligarchen sowie Wahlfälschungen verhalfen Jelzin zu einem Sieg über seinen schärfsten Widersacher, den Kommunisten Sjuganow, und erbrachten damit auch das im Westen erwünschte Ergebnis.